Một dòng chữ cho thấy vụ án giết Simonino. Người Do Thái đôi khi bị buộc tội phỉ báng huyết tế, và vì sự tan ác của họ mới xuất hiện chủ nghĩa bài Do Thái.

Trong suốt lịch sử Kitô giáo, Giáo hội và chính các Kitô hữu đã bị chỉ trích. Một số lời chỉ trích đã hướng vào niềm tin Kitô giáo và việc giải thích giáo lý Kinh Thánh. Phản ứng chính thức của các Kitô hữu đối với những lời chỉ trích này được gọi là Biện hộ học Kitô giáo. Một số những lời chỉ trích hướng tới Kinh Thánh về đạo đức bắt nguồn từ những diễn giải Kinh thánh được sử dụng trong lịch sử để biện minh cho thái độ và hành vi của Giáo hội, và những nhà phê bình rõ ràng coi là sai. Trước năm 2000, Đức Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã ban hành một loạt lời xin lỗi về "lỗi" của Giáo hội Công giáo trong suốt lịch sử, bao gồm lời xin lỗi đến người Do Thái, Galileo, người Hồi giáo và phụ nữ.

Những lời phê phán và chỉ trích thì khác nhau theo từng đối tượng. Ví dụ, nhà thờ bị các phong trào nữ quyền chỉ trích về một số vấn đề, chẳng hạn như việc không ban cho phụ nữ bí tích truyền chức thánh, do đó họ coi việc này là phân biệt đối xử với phụ nữ cung với đó phá thai và kiểm soát sinh sản bị Giáo hội từ chối. Các giáo hội Tin lành bảo thủ cũng bị chỉ trích bởi các phong trào nữ quyền, họ khuyến khích các nhà thờ duy trì vai trò truyền thống của phụ nữ, mà các phong trào nữ quyền coi là có giá trị. Họ cũng cho rằng các tiên tri tuyệt đại đa số nam giới, và thực tế là những câu chuyện Kinh thánh chỉ tập trung vào đàn ông chứng tỏ những ngời viết Kinh Thánh chỉ muốn xây dựng xã hội gia trưởng.

Các phong trào ủng hộ quyền đồng tính cũng chỉ trích thái độ của Kitô giáo với đồng tính luyến ái và cho rằng Giáo hội có thái độ tiêu cực đối với đông tính luyến ái. Họ tin rằng Kitô giáo là tác nhân chính cho sự hình thành chủ nghĩa bài đồng tính, vì xã hội phương Tây cho phép những người đồng tính trước khi chấp nhận Kitô giáo là một tôn giáo chính thức và hình sự hóa đồng tính luyến ái sau này.

Cuộc bao vây Antioch trong cuộc Thập tự chinh lân thứ nhất. Thập tự chinh là ví dụ nổi bật nhất về tính bạo lực của Kitô giáo.

Một trong những vấn đề khó khăn nhất là vấn đề nô lệ. Một số sử gia đổ lỗi cho Giáo hội vì đã không tác động đủ để giải phóng người da đỏ, trong khi những người khác cho rằng chỉ Giáo hội mới là tiếng nói duy nhất bảo vệ quyền lợi của người dân bản địa. Mối quan hệ của Kitô giáo giữa chủ nghĩa thực dân, theo các nhà phê bình, liên quan mật thiết đến thực tế rằng Công giáo và Tin Lành là các tôn giáo chính thức của các cường quốc thuộc địa châu Âu, và thường phục vụ họ như một "cánh tay nối dài". Các giáo lý tôn giáo đôi khi được sử dụng để biện minh cho hành động của thực dân và những phê phán gần đây cho răng Giáo hội Công giáo đìa phương hỗ trợ cho chế độ độc tài ở Nam Mỹ (Argentina, Chile và Nicaragua) và ở Ý, Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha, Áo và Croatia. Tại Hoa Kỳ, một số người theo chủ nghĩa cánh tả và tự do đã phê phán chủ nghĩa phát xít Kitô giáo để mô tả và chỉ trích ảnh hưởng của Kitô hữu, như một số người thấy ý thức hệ của Kitô hữu gần giống với chủ nghĩa phát xít và phi dân chủ. [432]

Kitô giáo bị chỉ trích bởi một số sử gia vì tác động của nó trong chủ nghĩa bài Do Thái vì người Do thái bị buộc tội đóng đinh Chúa Giêsu và bức hại các môn đệ của ông trong những thời kỳ đầu của Kitô hữu, họ hay trích dẫn tuyên bố của người Do thái trong cuộc thử thách Chúa Giêsu: "Máu của hắn ở dưới chân của chúng tôi và con của chúng tôi." Người Do Thái bị buộc một số tội danh, kể cả vụ ngộ độc nước giếng của Cơ-Đốc Nhân, ăn cắp bánh thánh và sự cứu rỗi. Vì những cáo buộc này, hầu hết người Do Thái từ Tây Âu bị trục xuất sang Đông và Trung Âu và Maghreb.

Các nhà phê bình cũng phải nghiên cứu mối quan hệ giữa Kitô giáo và bạo lực. Mặc dù giáo lý của Chúa Giêsu kêu gọi hòa bình, yêu thương và từ bi, nhưng giáo lý này đôi khi được sử dụng để biện minh cho việc sử dụng bạo lực. Hetman và Hagman đều cho rằng Pháp đình tôn giáo, Thập tự chinh, chiến tranh tôn giáo, và chủ nghĩa bài Do Thái là "một trong những ví dụ điền hình về bạo lực Kitô giáo."

Vấn đề hóc búa là mối quan hệ giữa Kitô giáo và khoa học, và các nhà phê bình thường chỉ trích về vấn đề này với Giáo hội Công giáo, khi một số nhà sử học và triết gia tin rằng Giáo hội Công giáo đã mâu thuẫn với khoa học, và họ cấm các nhà khoa học hoạt động, và có lẽ sự việc nổi bật nhất trong cuộc xung đột giữa Giáo hội và khoa học là vụ xét xử Galileo Galilei và lý thuyết tiến hóa, và theo một số nhà khoa học như Jerry Quinn, niềm tin và đức tin là một trở ngại cho sự phát triển khoa học, Ví dụ như Isaac Newton, ợng có thể đạt được nhiều thành tựu hơn trong việc phát triển khoa học nếu được chấp nhận nhiều hơn các câu hỏi mang tính khoa học. Có một số nhà sử học phủ nhận rằng mối quan hệ của Giáo hội Công giáo đối với khoa học là một xung đột và Ki Tô gió phản khoa học. Theo Thomas I. Woods, mối quan hệ của Giáo hội Công giáo với khoa học là mang tính tích cực và Giáo hội đã khuyến khích khoa học rất nhiều. "Có sự công nhận ngày càng tăng giữa các sử gia khoa học về mối quan hệ giữa tôn giáo và khoa học đã tích cực hơn cho du các cuộc tranh luận giữa khoa học - tôn giáo tiếp tục thể hiện sự thù địch từ Kitô giáo đối với các học thuyết khoa học mới, Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng Kitô giáo thường chấp nhận những học thuyết này, họ khuyến khích nghiên cứu và nỗ lực trong khoa học, và cả hai cùng tồn tại mà không có bất kỳ căng thẳng hay nỗ lực nào đề hài hòa.